Najważniejsza różnica dotyczy rodzaju podmiotów, przed którymi możemy zasłaniać się tajemnicą przedsiębiorstwa i korzystać z ochrony tych tajemnic. W postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego nie występuje zróżnicowanie na tzw. jawność zewnętrzną i wewnętrzną, które są elementami postępowania cywilnego. Natomiast w ramach procesu istnieje możliwość zastrzeżenia tajemnicy przedsiębiorstwa w oparciu o art. 153 §11 KPC, który pozwala sądowi na odbycie części bądź całości posiedzenia przy drzwiach zamkniętych w sytuacji gdy mogą być ujawnione okoliczności stanowiące tajemnicę przedsiębiorstwa i jedynie, gdy stosowny wniosek złożony zostanie przez stronę. Skorzystanie z tego przepisu wyłącza jedynie jawność zewnętrzną tzn. uniemożliwia udział w posiedzeniu osobom postronnym, czyli publiczności. Nie pozwala jednakże na wyłączenie jawności w stosunku do uczestników postępowania, którzy mogą być obecni na posiedzeniu.
Nie jest to zatem tak intensywna ochrona jaką otrzymują przedsiębiorcy ubiegający się o zamówienia publiczne, tym niemniej może mieć istotne dla przedsiębiorcy znaczenie. Otóż będzie ona miała zastosowania zawsze, gdy w toku posiedzenia będą składane wyjaśnienia przez zarząd przedsiębiorcy, zeznania świadków lub ustna opinia biegłego, a oświadczenia te obejmowały będą wrażliwe dane.
Warto zwrócić uwagę, iż KPC nie daje niestety żadnej możliwości ochrony tajemnicy przedsiębiorstwa wobec uczestników postępowania. Mają oni możliwość zapoznania się z aktami, w tym z wszystkimi dowodami z dokumentów, które zostały przez drugą stronę złożone, a także otrzymują odpisy wszystkich pism i dowodów, które są przez przeciwnika składane. W konsekwencji w przypadku, gdy przedmiotem procesu są elementy tajemnicy przedsiębiorstwa druga strona ma do nich pełny dostęp.
Trzeba zatem ponownie podkreślić, iż w toku postępowania cywilnego, w tym oczywiście gospodarczego, obowiązuje pełna jawność wewnętrzna – wobec stron i uczestników postępowania. Do akt dostęp mają również niekiedy osoby trzecie jak np. biegli w przypadku powołania dowodu z ich opinii. Zatem przedsiębiorca występujący do sądu w sprawie, w której może dojść do ujawnienia tajemnicy przedsiębiorstwa musi wziąć pod uwagę ryzyko wynikające z braku udzielenia mu ochrony w postępowaniu cywilnym.
Pomimo braku ochrony w sferze samego postępowania cywilnego, przedsiębiorca nadal korzysta z ochrony wynikającej z przepisów prawa materialnego, a zatem przepisów ustawy o zwalczaniu nieuczciwej konkurencji. Zgodnie z art. 11 ust. 1 tej ustawy, czynem nieuczciwej konkurencji jest przekazanie, ujawnienie lub wykorzystanie cudzych informacji stanowiących tajemnicę przedsiębiorstwa albo ich nabycie od osoby nieuprawnionej, jeżeli zagraża to lub narusza interes przedsiębiorcy. Każde wykorzystanie tajemnicy przedsiębiorstwa uzyskanej w toku postępowania cywilnego przez stronę, przy spełnieniu przesłanek, o których mowa w art. 11 ust. 1 ustawy o zwalczaniu nieuczciwej konkurencji, będzie prowadziło do odpowiedzialności statuowanej w art. 18 tejże ustawy. Jeśli zatem uczestnik postępowania cywilnego, który w jego toku uzyskał dostęp do cudzej tajemnicy przedsiębiorstwa, przekaże ją innemu podmiotowi, ujawni ją do wiadomości publicznej lub skorzysta z niej dla własnych potrzeb gospodarczych, będzie narażony na odpowiedzialność wynikającą z ustawy o zwalczaniu nieuczciwej konkurencji. Ochrona rozciąga się także na nieuprawnionego nabywcę tajemnicy przedsiębiorstwa, o ile działał on w złej wierze.