Rozbieżności w tym zakresie dostrzeżone zostały w doktrynie prawa zobowiązań oraz orzecznictwie. I tak z jednej strony prezentowany jest pogląd, iż powiązanie kary umownej z nieterminową zapłatą lub brakiem zapłaty wynagrodzenia należnego podwykonawcom jest postanowieniem nieważnym. Stanowisko to oparte jest na założeniu, że obowiązek zapłaty wynagrodzenia podwykonawcy jest zobowiązaniem pieniężnym. Przeciwny pogląd prezentowany jest w orzecznictwie Krajowej Izby Odwoławczej, w opinii której ze świadczeniem pieniężnym mamy do czynienia jedynie na linii wykonawca–podwykonawca.
W tym miejscu rozważań o dopuszczalności zastrzeżenia kary umownej w zależności od charakteru zobowiązania należy odnotować pogląd o dopuszczalności kary umownej przy zobowiązaniach pieniężnych wynikający ze swobody kontraktowania wyrażony przez Sąd Najwyższy w wyroku z 28 stycznia 1994 r. (I CO 39/93). W wyroku tym wskazano, że „nie można odrzucić poglądu, że w świetle art. 3531 KC stronom wolno zastrzegać na wypadek nienależytego wykonania zobowiązań pieniężnych obowiązek zapłaty określonej kwoty, która miałaby takie same lub podobne znaczenie, jak kara umowna przewidziana w art. 483 § 1 KC” Zdaniem Sądu Najwyższego, podstawę dla takiego postanowienia umowy stanowi właśnie art. 3531 KC, natomiast w zakresie przysługującego z niej roszczenia i środków obrony mają zastosowanie przepisy art. 484 § 1 i 2 KC.
Przechodząc dalej oraz przyjmując założenie, że zobowiązanie do zapłaty wynagrodzenia podwykonawcom ma jednak charakter pieniężny zwrócić należy uwagę na problem relacji obu norm pozostających w kolizji. Ustawa nie przewiduje bowiem odrębnej od kodeksowej regulacji instytucji kary umownej. Wniosek ten uzasadniony jest tym, że po pierwsze, art. 143d ustawy Pzp wymienia jedynie postanowienia umowy o roboty budowlane, a nie wprowadza przesłanek nowej instytucji. Po drugie, ustawa posługuje się terminem „kary umownej”, a jest to termin zastrzeżony dla kodeksu cywilnego. Gdyby ustawodawca chciał wprowadzić instytucje odrębną od kodeksowej winien nazwać ją odmiennie.
Oznacza to, że pomiędzy obiema regulacjami nie występuje relacja lex specialis – lex generalis. Biorąc pod uwagę sformułowany w doktrynie pogląd że „zobowiązanie wykonawcy do terminowej zapłaty wynagrodzenia podwykonawcom ma charakter pieniężny, a kara przewidziana w art. 143d ust. 1 pkt 7 lit. a ustawy Pzp jest karą umowną w rozumieniu art. 483 KC, w konsekwencji należy podzielić pogląd o nieważności klauzuli zastrzegającej karę umowną za brak zapłaty lub nieterminową zapłatę wynagrodzenia podwykonawcom, na podstawie art. 58 § 1 i 3 KC. Pogląd ten jest w swej istocie trafny i uzasadniony.
Powyższe stanowisko prowadziłoby jednak do konieczności eliminacji normy ustawowej istotnej z punktu widzenia umów o roboty budowlane z udziałem podwykonawców, która z woli ustawodawcy ma korzystać ze szczególnej ochrony. Wybór wykładni budzi poważne wątpliwości właśnie z uwagi na cel działania ustawodawcy, którym niewątpliwie było wzmocnienie sytuacji prawnej podwykonawców i zagwarantowanie im zapłaty wynagrodzenia za wykonywane prace.
Prawidłowa zatem wykładnia art. 143d ustawy Pzp prowadzi do uznania nieważności badanej klauzuli umownej. Kara umowna nie może być bowiem zastrzeżona jako naprawienie szkody wynikającej z niewykonania lub nieprawidłowego wykonania zobowiązania pieniężnego. Z drugiej strony taka wykładnia stoi w sprzeczności z obowiązkiem nałożonym na strony umów o roboty budowlane zawierane w trybie zamówień publicznych w art. 143d ustawy Pzp i czyni przyznaną przez ustawodawcę ochronę podwykonawcom iluzoryczną. Ustawodawca wymaga od stron zamieszczania w umowach postanowień, które z przyczyn systemowych są niedopuszczalne. Wyniki wykładni językowej i systemowej pozostają w sprzeczności z wykładnią celowościową i autentyczną.
W tym stanie sprawy powstała potrzeba rozstrzygnięcia wątpliwości interpretacyjnych wynikających z powyższej analizy. Zostały one rozstrzygnięte przez Sąd Najwyższy, który w dniu 30 czerwca 2019 roku podjął uchwałę, w której wyraził stanowisko, w świetle którego: „artykuł 483§ 1 KC nie wyłącza dopuszczalności zastrzeżenia kary umownej z tytułu braku zapłaty lub nieterminowej zapłaty wynagrodzenia należnego podwykonawcom lub dalszym podwykonawcom, o której mowa w art. 143d ust. 1 pkt 7 lit. a ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych.”
Przyjęta przez Sąd Najwyższy wykładnia wydaje się zatem przesądzać o możliwości zastrzeżenia w umowie o zamówienie publiczne kary umownej z tytułu braku wykonania lub nienależytego wykonania zobowiązania pieniężnego polegającego na zapłacie wynagrodzenia podwykonawcom lub dalszym podwykonawcom, pomimo iż jest to zobowiązanie o charakterze pieniężnym.